بروتين سكوب

بروتين سكوب (SCOP): قاعدة بيانات شاملة لبنية البروتين

المقدمة:

بروتين سكوب (SCOP) هي قاعدة بيانات شاملة لبنية البروتين تجمع بين المعلومات التجريبية والمحسوبة لجميع البروتينات المعروفة تقريبًا. تم تطوير قاعدة بيانات سكوب في عام 1994 وتم تحديثها باستمرار منذ ذلك الحين. وهي مورد قيم للباحثين الذين يدرسون بنية ووظيفة البروتينات.

تصنيف البروتينات:

تصنف قاعدة بيانات سكوب البروتينات في فئتين رئيسيتين: البروتينات بالشكل الكروي والبروتينات الليفية. البروتينات بالشكل الكروي هي تلك التي لها بنية مدمجة، مثل الأنزيمات والأجسام المضادة. البروتينات الليفية هي تلك التي لها بنية طويلة ورفيعة، مثل الكولاجين والإيلاستين.

الهياكل الثانوية:

قاعدة بيانات سكوب تصنف أيضًا هياكل البروتينات الثانوية، وهي الأنماط المتكررة للذرات الموجودة في العمود الفقري للبروتين. الهياكل الثانوية الأكثر شيوعًا هي ألفا-هيليكس، وبيتا-شيفرون، وبفاصل.

الحمض الاميني:

قاعدة بيانات سكوب تحتوي أيضًا على معلومات حول تسلسل الأحماض الأمينية للبروتينات. تسلسل الأحماض الأمينية هو ترتيب الأحماض الأمينية التي تشكل البروتين. وهو يحدد شكل البروتين ووظيفته.

المجالات:

يمكن تقسيم العديد من البروتينات إلى مجالات، وهي وحدات مستقلة מבנית ووظيفيا. المجالات غالبًا ما تكون مسؤولة عن وظائف محددة للبروتين.

الوظائف:

قاعدة بيانات سكوب تحتوي أيضًا على معلومات حول وظائف البروتينات. تتضمن الوظائف المعروفة للبروتينات التحفيز الأنزيمي، والترابط مع الشركاء الجزيئية، والنقل، والتخزين، والترجمة الجينية، وغير ذلك الكثير.

بنية البروتين ثلاثية الأبعاد:

توفر قاعدة بيانات سكوب إحداثيات ذرية لبنية البروتين ثلاثية الأبعاد. تتوفر هذه الإحداثيات على شكل ملفات إحداثيات جزيئية (PDB). يمكن استخدام ملفات PDB لعرض وتلاعب الهياكل الجزيئية باستخدام برامج الكمبيوتر.

الاستنتاج:

بروتين سكوب هي قاعدة بيانات شاملة لبنية البروتين تجمع بين المعلومات التجريبية والمحسوبة لجميع البروتينات المعروفة تقريبًا. وهي مورد قيم للباحثين الذين يدرسون بنية ووظيفة البروتينات.